Actuellement, l’INERA est administré par un Conseil d’Administration, chargé de prendre des décisions en matière d’organisation, de réglementation et de gestion du patrimoine, des ressources humaines et financières. La gestion quotidienne de l’Institut et l’exécution des décisions du Conseil d’Administration sont assurées par le Comité de gestion dirigé par le Président Délégué Général assisté par un Administrateur Général et adjoint et deux administrateurs directeurs (Technique et Financier) et un Représentant du personnel. La direction générale est basée à Kinshasa, avec à sa tête un Directeur Général, chaque station étant dirigée par un Chef de Station.